Музей был основан в соотвествии c первым Уставом Казанского Императорского университета в 1804 году. Открытие Казанского университета состоялось на базе давно существовавшей Казанской гимназии.
 

В стенах этой гимназии еще в 1736 году Великая Северная экспедиция,  руководимая Витусом Берингом, продвигаясь на восток организовала первые непрерывные метеорологические наблюдения и положила начало сбору коллекции горных пород, минералов и гербариев местной флоры.

В 1798 году в Казань была доставлена коллекция минералов из личного собрания князя Потемкина-Таврического.

 

Первоначально эта коллекция предназначалась для задуманного Екатериной II университета в Екатеринославле, но по указу Павла I она вместе с библиотекой поступила в Казанскую гимназию.

В 1804 году, при открытии университета, эта коллекция и разрозненные палеонтологические находки из числа "натуральных вещей" гимназии легли в основу музея, состоявшего тогда из Минерального Кабинета и Кабинета естественной или натуральной истории. По инициативе попечителя Казанского учебного округа С.Я.Румовского Совет университета обратился в 1805 году к преподавателям подведомственных училищ с просьбой "чтобы они сколько возможно собирали редкости из всех трех царств природы". Раньше всех откликнулся пермский краевед Никита Попов, приславший коллекцию горных пород и минералов с Урала. 


В первой половине XIX столетия в музей поступили крупное собрание минералов А.И. Лобачевского из его экспедиции по Сибири 1819 года и коллекция редких по красоте и размерам раковин южных морей, привезенная профессором И.М. Симоновым из первой русской Антарктической экспедиции 1818 - 1821 гг.
 

Позже И.М. Симонов вместе с А.Я. Купфером с целью приобретения коллекций для музея побывали в Германии, Австрии и Италии. В последней они приобрели у профессора Кавелли из Неаполя ценную коллекцию вулканических пород и минералов.
В течение многих лет попечитель университета М.Н. Мусин-Пушкин приобретал на Екатеринбургской гранильной фабрике шлифованные уральские порфириты и яшмы. В 1838 году М.Н.Мусин-Пушкин передал в музей горные породы и минералы, собранные на медных рудниках Анатолием Николаевичем Демидовым

 

В настоящее время геологический музей им.А.А. Штукенберга - это один из старейших и богатейших естественнонаучных музеев России. Экспозиция музея размещается на двух этажах в здании бывшей Казанской духовной семинарии, а ныне геологического факультета КФУ.



 


Фонды музея включают более 150 000 экспонатов из 60 стран мира. Это метеориты, минаралы, цветные, редкие и благородные металлы, горючие ископаемые, поделочные камни, раковины и скелеты, остатки ископаемых древних животных и растений.